Akut / dygnet runt - Nedre luftvägspanel, Sörmland / VG (SkaS Skövde / Lidköping)

Misstanke om nedre luftvägsinfektion.

Denna panel är främst avsedd för användning vid diagnostik av svåra pneumonier. Bakterier (även atypiska), virus och resistensgener detekteras samtidigt. Panelen ska endast användas för analys av sputum/ trakealsekret/ bronksekret(bronksköljvätska) / BAL från patienter med svår samhällsförvärvad eller sjukhusförvärvad pneumoni.

OBS! Det ”nya coronaviruset” som orsakar COVID-19 (dvs SARS-CoV-2) påvisas INTE med denna metod.

Påvisning av virus med molekylärbiologiska metoder (PCR) är begränsat till sjukdomens första 1-2 veckor.

Den nedre luftvägspanelen ska ses som ett screeningprov och ersätter inte sedvanlig rutindiagnostik. Laboratoriet kommer att odla samma prov.

Ett negativt resultat utesluter inte infektion med ingående agens. Vid klinisk misstanke om Legionella pneumophila, Mycoplasma pneumoniae, Chlamydia pneumoniae, influensa eller RSV och ett negativt resultat bör riktad analys från optimal provtagningslokal utföras.

Metoden är mindre känslig för adenovirusarterna C. 

Tänk på att Bordetella pertussis/B. parapertussis, Francisella tularensis, Chlamydia psittaci och övriga Legionella arter inte ingår i panelen.

Multiplex realtids-PCR (DNA/RNA) på FilmArray, för mer information klicka här.

Metoden påvisar totalt 18 bakterier, 10 luftvägsvirus och 7 resistensmarkörer (se lista nedan). Detektionen är semi-kvantitativ för bakterier och kvalitativ för atypiska bakterier och virus.

OBS! Det ”nya coronaviruset” som orsakar COVID-19 (dvs SARS-CoV-2) påvisas INTE med denna metod.

Enterovirus påvisas med denna metod, men kan inte särskiljas från Rhinovirus. För mer information om allvarlig luftvägssjukdom orsakat av enterovirus D68 se Folkhälsomyndighetens hemsida.        

De ingående analyserna utförs endast tillsammans.

I luftvägspanelen ingår analys av nedanstående agens:

Virus (kvalitativ):

Adenovirus (lägre känslighet för adenovirus C)
Humant metapneumovirus hMPV
Coronavirus 
Influensa A 
Influensa B 
RSV 
Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus (MERS-CoV)
Parainfluensavirus
Rhinovirus/Enterovirus

Atypiska bakterier (kvalitativ):
Mycoplasma pneumoniae
Chlamydia pneumoniae
Legionella pneumophila

Bakterier (semi-kvantitativ): 

Acinetobacter calcoaceticus-baumannii complex

Enterobacter cloacae

Eschcerichia coli

Haemophilus influenzae

Klebsiella aerogenes

Klebsiella oxytoca

Klebsiella pneumoniae group

Moraxella catarrhalis

Proteus spp.

Pseudomonas aeruginosa

Serratia marcescens

Staphylococcus aureus

Streptococcus agalactiae (streptokocker grupp B)

Streptococcus pneumoniae

Streptococcus pyogenes (streptokocker grupp A)

Resistensgener (endast vid samtidig påvisning av relevant bakterie):

Methicillinresistens (mecA/mecC och MREJ)

ESBL-CARBA (IMP, KPC, NDM, Oxa-48 like, VIM)

ESBL (CTX-M)

Remiss/beställning

Välj provtyp enligt nedan: Sputum, trakealsekret, bronksekret (bronkskölvätska), BAL.

SkaS Skövde/Lidköping: 
Elektronisk remiss i Melior:

Analysen utförs på laboratoriet i Skövde men kan beställas av alla inom SkaS med tillgång till Melior.

Sörmland:

Remiss/beställning via klinisk kemis elektroniska beställningskatalog.

Ange under fritext (Sörmland) eller diagnos (VG): Hur provet är taget!

Aktuell diagnos, bakomliggande sjukdomar, immunosuppression, orsak till provtagning, avslutad och pågående antibiotika.

Förvaring: Kyl i väntan på transport.

SkaS Skövde/Lidköping: Akutmärk provet med akutetikett.

När dessa prover lämnas till laboratoriet i Skövde skall de alltid lämnas in vid laboratoriets provinlämningslucka och personalen ska kontaktas. Då luckan är stängd, använd kontaktrutiner för respektive ort (se info vid lucka) för att få kontakt med laboratoriets personal.

Om prov skickas från andra sjukhus än Skövde, kontakta laboratoriets personal för att förvarna om att ett prov är på väg. Detta gäller både vid ordinarie transport och akut transport.

Obs! Lämnas dessa prover på fel ställe eller utan att meddela personal kan det innebära stora fördröjningar av provsvaren.

OBS! Vid fel provtagningsmateriel eller fel remiss kan analys inte utföras.

 Analysfrekvens:

SkaS Skövde/Lidköping: Dygnet runt, alla dagar.

Sörmland: Dagtid måndag-söndag.

Svarstid: 

SkaS Skövde/Lidköping: : Elektroniskt svar på luftvägspanelen lämnas inom ca 2 h. Svar på samtidig odling tidigast efter 2 dygn.

Sörmland: Svarstid 1 - 2 dagar. Odlingssvar 2-4 arbetsdagar, måndag-fredag.

Svarstext:

För nedre luftvägspanelen är svarstexten PÅVISAD /ej påvisad för respektive agens som ingår i panelen.

Upplysningar om eventuell anmälningsplikt enligt smittskyddslagen kommenteras i förekommande fall.

Bakterier som semikvantifieras besvaras med mängd utifrån fyra olika nivåer från 10 000 kopior/mL och anges i svaret som 10^4-10^7 kopior/mL.

Påvisad bakterie med angiven mängd besvaras med kommentaren: " Resultatet bör tolkas i samråd med infektionskonsult. Kompletterande odlingssvar följer."

Samtidig odling svaras med kommentaren: "Nedre luftvägspanel har utförts på detta prov. Var god se RID ... i melior. Vid svårtolkade resultat konsultera infektionsläkare".

Vid påvisad resistensgen svaras för MRSA " Utredning för MRSA pågår, kompletterande svar följer" och för ESBL " Utredning för ESBL pågår, kompletterande svar följer".

- Om MRSA odlas fram kommer odlingen svaras ut enligt sedvanlig rutin.

- Om MRSA ej kan odlas fram svaras "Misstänkt MRSA i PCR ej framodlad" och kommentaren ”MRSA har inte kunnat odlas fram. MRSA-screening kan övervägas”.

- Om ESBL odlas fram kommer odlingen svaras ut enligt sedvanlig rutin.

- Om ESBL ej odlas fram svaras "Misstänkt ESBL i PCR ej framodlad" och kommentaren

”ESBL har inte kunnat odlas fram. ESBL-screening kan övervägas”.

Adenovirus kan inte säkert uteslutas med denna metod. Vid misstanke om adenovirus var god kontakta laboratoriet.

Resultatet ska tolkas utifrån klinisk bild och övriga diagnostiska tester. Ett negativt resultat utesluter inte infektion med ingående agens.

Resultatet bör tolkas i samråd med infektionskonsult.

Resultatet av semikvantifieringen ska bedömas utifrån vilken provtagningsteknik som använts. Dessa bakterier (de som kvantifieras) kan förekomma som kolonisationsflora i orofarynx och orsaka provtagningsförorening.

Resistensgener för ESBL blir endast påvisade om en relevant bakterie påvisats i provet. Men det betyder inte att den påvisade bakterien med säkerhet bär genen. I dessa fall odlas provet för att utreda misstanken.

Vid påvisad MRSA har såväl mecA/mecC, MREJ (St.aureus specifk gensekvens av resistensgenen) samt Staphylococcus aureus påvisats. Det betyder inte att den påvisade bakterien med säkerhet bär resistensgenen. Vidare utredning med odling utförs för att utreda misstanken.

Ackrediteringen omfattar alla atypiska bakterier, S. pneumoniae samt virus i panelen med undantag av MERS-CoV.

Camilla Kiszakiewicz, Specialistläkare Klinisk mikrobiologi