Salmonella-bakterier kan förekomma i kontaminerade livsmedel och då orsaka utbrott. Smitta kan också överföras vid kontakt med djur, så kallad zoonotisk spridning (ex nötkreatur, höns, gris, hund, katt), och direkt mellan människor via avföring.
Shigella-bakterier sprids via smittade födoämnen (ex grönsaker bevattnade med förorenat vatten) och kan sedan spridas vidare med avföring. Kontaktsmitta förekommer också vid dåliga sanitära förhållanden. Shigella har en mycket låg infektionsdos, endast 10-100 bakterier behövs för att bli smittad. Shigella och EIEC kan inte särskiljas med enbart molekylär metod.
Campylobacter är en vanlig bakterie som finns hos både människor och djur över hela världen. Infektionen kan smitta, ofta via avföring eller kontaminerade livsmedel, från djur till människa och är en zoonotisk sjukdom. De vanligaste arterna som orsakar gastroenterit hos människa är C. jejuni och C. coli.
Yersinia enterocolitica och Y. pseudotuberculosis orsakar sjukdom hos människa och är patogena. Yersinia-bakterier förekommer i miljön i hela världen. Grisar antas kunna sprida smitta till människor och är då en zoonotisk infektion. Smitta kan också överföras via livsmedel och förorenat vatten.
Escherichia coli-stammar som associeras med diarré kan klassificeras baserat på kliniska, epidemiologiska och molekylära kriterier till sex olika grupper; EHEC, ETEC, EPEC, EIEC, EAEC och DAEC.
EHEC (Enterohemorrhagisk E. coli) betecknas även STEC (shigatoxinliknande E. coli) och VTEC (verocytotoxinproducerande E. coli). I Sverige brukar benämningen VTEC användas inom veterinärmedicin då djur är koloniserade med enterohemorrhagiska E. coli. Bakterierna koloniserar tjocktarmen genom att adherera till mukosan, vilket initieras av en molekyl på bakterieytan som kallas intimin. Intimin är en virulensfaktor (adhesin) som kodas av genen eaeA (adhesionsgen). Bakterierna producerar shigatoxin (Stx) som anses vara den huvudsakliga virulensfaktorn. Toxinerna ger skador i tarmen vilket i många fall resulterar i blodiga diarréer. Stx2e är en stx2-variant som associeras med ödemisk sjukdom hos grisar, men den kan också orsaka hemolytiskt uremiskt syndrom (HUS) hos människor. HUS associeras med svår njurpåverkan och trombocytopen purpura.
ETEC (enterotoxinbildande E. coli) är den vanligaste orsaken till "turistdiarré". Bakterien kan producera värmestabilt (heat-stable enterotoxin) och/eller värmekänsligt enterotoxin (heat-labile enterotxin) kodat av generna st och lt.
EPEC (enteropatogena E. coli) orsakar diarré. Atypiska EPEC, med påvisad eaeA-gen, kan orsaka akut och långvarig diarré hos barn.
Infektion med EIEC (enteroinvasiv E. coli) karakteriseras av dysenterisymtom med feber, smärtor och blodiga slemmiga diarréer. EIEC är mycket sällsynt i Sverige men kan förekomma som importfall. Generna ipaH och invE, markörer för den invasiva plasmiden som detekteras hos EIEC, förekommer även hos Shigella. Analys av dessa gener ingår i detta test, men EIEC och Shigella kan inte särskiljas med enbart molekylär metod.
EAEC (EAggEC, enteroaggregativ E. coli) är ett relativt vanligt fynd vid bakteriell gastroenterit och är en viktig orsak till barndiarréer i låginkomstländer. Eventuellt finns ett samband med kronisk diarré.
Den kliniska betydelsen av DAEC (diffusely adhering E. coli) är fortfarande under diskussion. Analys av DAEC ingår inte i bakteriepanelen.