Akut / dygnet runt - Nedre luftvägspanel

Misstanke om nedre luftvägsinfektion.

Denna panel är främst avsedd för användning vid diagnostik av svåra pneumonier. Bakterier (även atypiska), virus och resistensgener detekteras samtidigt. Panelen ska endast användas för analys av sputum/ trakealsekret/ bronksekret(bronksköljvätska) / BAL från patienter med svår samhällsförvärvad eller sjukhusförvärvad pneumoni.

BEGRÄNSNINGAR

• OBS! SARS-CoV-2  (Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2) som orsakar COVID-19 (CoronaVirus Disease 2019)  påvisas INTE med denna metod. 
• Påvisning av virus med molekylärbiologiska metoder (PCR) är begränsat till sjukdomens första 1-2 veckor. 
  
• Den nedre luftvägspanelen ska ses som ett screeningprov och ersätter inte sedvanlig rutindiagnostik. Laboratoriet kommer att odla samma prov.
  
• Ett negativt resultat utesluter inte infektion med ingående agens.
  
• Vid klinisk misstanke om Legionella pneumophila, Mycoplasma pneumoniae, Chlamydia pneumoniae,  influensa eller RSV (Respiratory Syncytial Virus) och ett negativt resultat bör riktad analys från optimal provtagningslokal utföras. För ytterligare information, se respektive länk till provtagningsanvisning. 
  
• Metoden är mindre känslig för adenovirusarterna C. 
  
• Tänk på att Bordetella pertussis/B. parapertussis, Francisella tularensis, Chlamydia psittaci och övriga Legionella arter inte ingår i panelen. Vid frågeställning av Bordetella pertussis/B. parapertussis rekommenderas prov från nasofarynx, se anvisning Bordetella pertussis/parapertussis, DNA - Unilabs  alternativt Övre luftvägspanel, multiplex DNA/RNA - Unilabs.
• Enterovirus påvisas med denna metod, men kan inte särskiljas från Rhinovirus. För mer information om allvarlig luftvägssjukdom orsakat av enterovirus D68 se Folkhälsomyndighetens hemsida.        
  

Multiplex realtids-PCR (DNA/RNA) på FilmArray, för mer information klicka här.

Metoden påvisar totalt 18 bakterier, 10 luftvägsvirus och 7 resistensmarkörer (se lista nedan). Detektionen är semi-kvantitativ för bakterier och kvalitativ för atypiska bakterier och virus.

De ingående analyserna utförs endast tillsammans.

I luftvägspanelen ingår analys av nedanstående agens:

Virus (kvalitativ):

Adenovirus (lägre känslighet för adenovirus C)
Humant metapneumovirus hMPV
Coronavirus 
Influensa A 
Influensa B 
Respiratory syncytial virus (RSV)
Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus (MERS-CoV)
Parainfluensavirus
Rhinovirus/Enterovirus

Atypiska bakterier (kvalitativ):
Mycoplasma pneumoniae
Chlamydia pneumoniae
Legionella pneumophila

Bakterier (semi-kvantitativ): 

Acinetobacter calcoaceticus-baumannii complex

Enterobacter cloacae

Escherichia coli

Haemophilus influenzae

Klebsiella aerogenes

Klebsiella oxytoca

Klebsiella pneumoniae group

Moraxella catarrhalis

Proteus spp.

Pseudomonas aeruginosa

Serratia marcescens

Staphylococcus aureus

Streptococcus agalactiae (streptokocker grupp B)

Streptococcus pneumoniae

Streptococcus pyogenes (streptokocker grupp A)

Resistensgener (endast vid samtidig påvisning av relevant bakterie):

Methicillinresistens (mecA/mecC och MREJ)

ESBL-CARBA (IMP, KPC, NDM, OXA-48 like, VIM)

ESBL (CTX-M)

Välj provtyp enligt nedan: Sputum, trakealsekret, bronksekret (bronksköljvätska), BAL.

Elektronisk remiss/beställning

Ange under fritext (Sörmland och S:t Görans sjukhus) eller diagnos (VG): Hur provet är taget!

Aktuell diagnos, bakomliggande sjukdomar, immunosuppression, orsak till provtagning, avslutad och pågående antibiotika.

Förvaras i kyl i väntan på transport, provet behöver nå laboratoriet inom 24h efter provtagning.

När dessa prover lämnas till laboratoriet skall de alltid lämnas in vid laboratoriets provinlämningslucka samt kontakta personalen. Då luckan är stängd, använd kontaktrutiner för respektive ort (se info vid lucka) för att få kontakt med laboratoriets personal.

 Analysfrekvens:

SKAS Skövde/Lidköping och S:t Görans sjukhus: Dygnet runt, alla dagar.

Sörmland: Dagtid måndag-söndag.

Svarstid: 

SKAS Skövde/Lidköping och S:t Görans sjukhus: Elektroniskt svar på luftvägspanelen lämnas inom cirka 2 h. Odlingssvar tidigast efter 2 dygn.

Sörmland: Svarstid för luftvägspanelen 1 - 2 dagar. Odlingssvar tidigast efter 2 dygn.

Svarstext:

För nedre luftvägspanelen är svarstexten PÅVISAD /ej påvisad för respektive agens som ingår i panelen.

Upplysningar om eventuell anmälningsplikt enligt smittskyddslagen kommenteras i förekommande fall.

Bakterier som semikvantifieras besvaras med mängd utifrån fyra olika nivåer från 10 000 kopior/mL och anges i svaret som 10^4-10^7 kopior/mL.

Påvisad bakterie med angiven mängd besvaras med kommentaren: " Resultatet bör tolkas i samråd med infektionskonsult. Kompletterande odlingssvar följer."

Vid påvisad resistensgen svaras för MRSA " Utredning för MRSA pågår, kompletterande svar följer" och för ESBL " Utredning för ESBL pågår, kompletterande svar följer".

- Om MRSA odlas fram kommer odlingen svaras ut enligt sedvanlig rutin.

- Om MRSA ej kan odlas fram svaras "Misstänkt MRSA i PCR ej framodlad" och kommentaren ”MRSA har inte kunnat odlas fram. MRSA-screening kan övervägas”.

- Om ESBL odlas fram kommer odlingen svaras ut enligt sedvanlig rutin.

- Om ESBL ej odlas fram svaras "Misstänkt ESBL i PCR ej framodlad" och kommentaren

”ESBL har inte kunnat odlas fram. ESBL-screening kan övervägas”.

Adenovirus kan inte säkert uteslutas med denna metod. Vid misstanke om adenovirus var god kontakta laboratoriet.

Resultatet ska tolkas utifrån klinisk bild och övriga diagnostiska tester. Ett negativt resultat utesluter inte infektion med ingående agens.

Resultatet bör tolkas i samråd med infektionskonsult.

Resultatet av semikvantifieringen ska bedömas utifrån vilken provtagningsteknik som använts. Dessa bakterier (de som kvantifieras) kan förekomma som kolonisationsflora i orofarynx och orsaka provtagningsförorening.

Resistensgener för ESBL blir endast påvisade om en relevant bakterie påvisats i provet. Men det betyder inte att den påvisade bakterien med säkerhet bär genen. I dessa fall odlas provet för att utreda misstanken.

Vid påvisad MRSA har såväl mecA/mecC, MREJ (St.aureus specifk gensekvens av resistensgenen) samt Staphylococcus aureus påvisats. Det betyder inte att den påvisade bakterien med säkerhet bär resistensgenen. Vidare utredning med odling utförs för att utreda misstanken.

Ackrediteringen omfattar alla atypiska bakterier, S. pneumoniae samt virus i panelen med undantag av MERS-CoV.